Pondok Pesantren adalah lembaga pendidikan Islam, yang mengajarkan ilmu-ilmu Islam, dipimpin oleh seorang Kyai, Ustadz, dan atau Habib sebagai pemangku atau pemilik pondok pesantren dan dibantu oleh ustadz atau guru yang mengajarkan ilmu-ilmu tersebut kepada para santri, melalui metode dan teknik yang khas. Pondok pesantren merupakan lembaga pendidikan agama Islam yang bersistem asrama dan berbasis masyarakat yang menyelenggarakan satu atau berbagai satuan dan atau program pendidikan. Pesantren bukan satuan pendidikan melainkan sistem pembelajaran terpadu dalam mempelajari ilmu Islam serta menanamkan kesucian jiwa yaitu keikhlasan, juga kekeluargaan dan kemandirian, kesederhanaan, serta ukhuwah Islamiyah, ukhuwah wathaniyah, dan ukhuwah basyariyah.
Pada awal 1999, beliau Al Habib Shaleh bin Muhamad Al Jufri bertemu dengan Al Habib Abu Bakar bin Zen Al Habsyi (Alumni Al Azhar, Mesir). Berangkat dari keprihatinan atas keadaan dan kondisi yang ada serta niat yang kuat untuk membentuk kader - kader Dai, setelah dilakukan beberapa kali diskusi akhirnya muncul gagasan dan keberanian untuk mengantipasi dan merealisasikan niat tersebut dengan mendirikan pondok pesantren. Gagasan di atas juga dimusyawarahkan sekaligus memohon doa restu kepada Al Habib Muhammad Anis bin Alwi bin Ali Al Habsyi selaku tokoh masyarakat Solo. Atas saran dan restu beliau, maka dicarilah area yang berlokasi diantara Tawangmangu dan Karanganyar, serta bertekat akan memulai sekalipun dengan yang kecil terlebih dahulu.
Pada Mei 1999, karena lokasi pondok belum juga didapatkan, maka Al Habib Abu Bakar bin Zen Al Habsyi yang berencana akan pindah ke Jakarta, merelakan sisa sewa rumahnya selama satu setengah tahun untuk difungsikan sebagai pondok pesantren. Setelah terjadi beberapa pembicaraan dengan para tokoh masyarakat dan mereka yang simpati dengan rencana ini, akhirnya dibentuk suatu kepengurusan. Dan pada tanggal 12 Rabiul Awwal 1420 H bertepatan dengan 26 Juni 1999, Pondok Pesantren Darul Mushtafa yang beralamat di Jl. Angsana No 1 RT 01 / RW 05 Cemani, Grogol Sukoharjo, Jawa Tengah resmi dibuka.
Dua bulan kemudian, pihak pondok menerima tanah wakaf dari Al Habib Alwi bin Muhammad Assegar dari Sidoharjo yang berlokasi di Karangpandan (sesuai dengan saran Al Habib Muhammad Anis bin Alwi Al Habsyi sebelumnya) seluas 4.200 m2. Pada bulan November 1999, rumah sederhana yang terdapat diatas tanah wakaf tersebut direnovasi oleh Al Habib Abu Bakar bin Muhammad Al Jufri, hingga dapat difungsikan. Pada tahap awal digunakan sebagai tempat kegiatan TPA, Shalat Tarawih dan kegiatan lain dengan melibatkan para ustadz dan santri Darul Musthafa dalam pengelolaannya.
Pada awal tahun 2000 terjadi perkembangan baru, bahwa pondok yang berlokasi di Cemani karena satu dan lain hal tidak dapat diteruskan lagi. Karena santri telah ada kegiatan belajar - mengajar telah berjalan, maka tidak ada pilihan lain bagi pengurus kecuali memulai pembangunan tanah wakaf di Karangpandan. Pada tanggal 15 April 2000 M, peletakan batu pertama pembangunan pondok dilaksanakan oleh Al Habib Muhammad Anis bin Awi Al Habsyi (Solo), Guru Mulia Al Habib Al ‘Alim Al ‘Arif billah Al ‘Allaamah Al Wali Ad Da’i ilallah Umar bin Muhammad bin Salim bin Hafidz bin Syeikh Abi Bakar bin Salim (Tarim-Hadramaut) dan para Habaib, Kyai serta tokoh masyarakat lain.
Sebelas bulan kemudian, pada tanggal 18 Maret 2001 M bertepatan dengan 22 Dzulhijah 1421 H, peresmian gedung dan pengguntingan pita oleh Al Habib Muhammad bin Alwi Assegaf dan penandatanganan prasasti oleh Al Habib Muhammad Anis bin Alwi Alhabsyi dan Guru Mulia Al Habib Al ‘Alim Al ‘Arif billah Al ‘Allaamah Al Wali Ad Da’i ilallaah Umar bin Muhammad bin Salim bin Hafidz bin Syeikh Abi Bakar bin Salim. Sejak itu, Alhamdulilah semuanya dapat berjalan dengan berbagai kelebihan dan kekurangan yang ada. Tepatnya pada tanggal 18 Mei 2000, Pondok Pesantren Darul Musthafa, Karangpandan - Indonesia yang merupakan satu - satunya cabang resmi dari Pondok Pesantren Darul Musthafa, Tarim - Hadramaut, Yaman telah memiliki badan hukum dalam bentuk Yayasan dengan akte Notaris Noor Lathif No. 10. dan pada awal 2010, Darul Musthafa meresmikan pondok putri yang diberi nama Darul Batul Atthohiroh yang bertempat di Pasar Kliwon Solo.
Menciptakan Generasi ‘Alim Robbani ;
yaitu orang yang memiliki ilmu ke-Islaman ke Imanan dan Ikhsan yang bersanad, juga suci batin, penuh dengan kesungguhan kepada Allah SWT, serta cinta kasih dan bermanfaat untuk sesama.
Berilmu, berhati mulia, beramal sholeh, berbakti dan berjuang untuk agama, bangsa dan negara, serta bermanfaat bagi umat.